Viele Menschen haben die Frage gestellt, warum und wozu ein Meeresinstitut, ein tropisches Meeresinstitut, das bei 53ºN in Norddeutschland, weit weg von den Tropen liegt? Die Antwort liegt in dem Motto des Instituts: “Denn globale Herausforderungen brauchen Wissenschaft ohne Grenzen”. Das ZMT ist das einzige wissenschaftliche Institut in Deutschland, das ausschließlich tropische und Küstenökosysteme und ihre Bedeutung für Natur und Mensch untersucht. Das ZMT will eine wissenschaftliche Grundlage für den Schutz und die nachhaltige Nutzung dieser tropischen Küstenökosysteme schaffen und widmet sich der Erforschung, nicht nur der Auswirkungen ökologischer Fragen in der tropischen Meeresumwelt, sondern auch der sozio-ökonomischen Fragen in diesen Bereichen. In der deutschen Forschungslandschaft gibt es seit ihrer Gründung im Jahr 1991 und dem Beitritt zur Leibniz-Gemeinschaft im Jahr 2009 keine weiteren Forschungsinstitute, die sich mit diesen bestehenden und neu entstehenden gesellschaftlichen Problemen befassen.

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